在路上，佐助再次碰到音忍四人眾。音忍給佐助提升咒印狀態(tài)的藥丸，吃下藥丸進入假死狀態(tài)的佐助被封印到特制的棺桶中，四人組帶著棺桶前往大蛇丸的實驗基地。

    這時，鳴人等人也開始了營救佐助的任務(wù)。最終鳴人在終結(jié)之谷追上了佐助。

    佐助見鳴人窮追不舍，便聲稱要殺死鳴人。

    鳴人雖然感覺到佐助的殺意，但決定無論用什么手段都要把佐助帶回村子。

    兩人開始戰(zhàn)斗，一開始佐助穩(wěn)占上風(fēng)，后來鳴人使用體內(nèi)九尾的力量壓制佐助，但佐助的寫輪眼升級，又再度將鳴人擊倒。

    這時鳴人體內(nèi)的九尾查克拉環(huán)繞在鳴人周圍，并長出一條尾巴，而佐助則直接變成咒印狀態(tài)，外貌好像鷹。

    兩人各自使出絕招——鳴人九尾形態(tài)的紅色螺旋丸和佐助咒印狀態(tài)的黑色千鳥在終結(jié)之谷的大瀑布上對拼。

    僵持狀態(tài)下，佐助擊中鳴人，而鳴人只在佐助的護額上劃出了一條裂紋。兩種強力忍術(shù)的碰撞產(chǎn)生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。

    戰(zhàn)斗以佐助的勝利而告終，但是佐助并未殺死鳴人，因為他決定用自己的方式獲得力量，而不是像鼬所希望的那樣，為了開啟萬花筒寫輪眼而殺害同伴。

    佐助離開了鳴人，來到大蛇丸身邊。

    佐助性格變得更加冷酷，初次見面就用寫輪眼震懾住了佐井。

    他自稱斬斷了與鳴人的羈絆，全身心地追求力量。和其他音忍不同，佐助對大蛇丸既不恐懼也不尊重。

    他沒佩戴音忍的護額，身上唯一的標(biāo)記是宇智波一族紋章。與新第七班見面后，佐助毫不留情地攻擊了鳴人和櫻。

    在兩年的時間里，佐助的實力得到提升。他使用草薙劍作為武器，并對雷遁忍術(shù)進行了各種新開發(fā)。

    由于大蛇丸的影響和自身的努力，佐助完全掌握了控制咒印的力量，瞳力也變得深不可測，甚至可以通過寫輪眼與鳴人體內(nèi)的九尾對話。

    九尾對佐助的出現(xiàn)感到很吃驚，他說佐助的查克拉簡直和以前的宇智波斑一模一樣，佐助對九尾所說的事情不感興趣，并開始壓制九尾的查克拉。

    九尾于是威脅佐助不要殺死鳴人，否則會后悔。在打倒所有人后，佐助準(zhǔn)備使用絕招將眾人一舉殲滅.

    這時大蛇丸和藥師兜出現(xiàn)，兜勸說佐助留下第七班，這樣可以削弱“曉”的力量，便于他對鼬的復(fù)仇，佐助勉強同意，接著三人便消失了。

    自立門戶-在擺脫大蛇丸控制后，佐助釋放了被大蛇丸關(guān)押的水月。

    接著兩人來到南秘所，說服了具有特殊能力且對佐助抱有愛慕之情的香磷入伙，并釋放了所有的囚徒。

    之后佐助一行人來到北秘所，準(zhǔn)備釋放咒印力量的源頭──重吾。

    重吾擁有雙重性格，平時性格溫和，但當(dāng)咒印爆發(fā)時就抑制不住殺人的沖動。

    佐助利用實力震懾住了處于咒印狀態(tài)的重吾，作為君麻呂生前的好友，重吾為了知道君麻呂不惜犧牲生命抓來的佐助，究竟是個什么樣的人而決定加入。

    佐助的四人小隊正式組成，取名為“蛇”，目的是要殺死鼬，整個世界都將因“蛇”的出現(xiàn)而發(fā)生變化。

    在得知大蛇丸被佐助殺掉，所殺，便開始進行尋找佐助的任務(wù)。佐助在尋找鼬的時候遭遇了“曉”的迪達(dá)拉和“面具男”。

    迪達(dá)拉過去曾敗于宇智波鼬手下，二因佐助殺死了本該由自己干掉的大蛇丸，而對佐助十分不滿，主動挑起戰(zhàn)斗。

    經(jīng)過一番苦戰(zhàn)后，二人打得兩敗俱傷，迪達(dá)拉想與佐助同歸于盡，結(jié)果佐助用寫輪眼控制萬蛇躲過迪達(dá)拉的自爆才幸免于難！

    兩兄弟不斷使出絕招攻擊對手，佐助的實力早已今非昔比，在交戰(zhàn)過程中，先后破解了鼬最強的精神攻擊“月讀’與最強的物理攻擊“天照”，但也因此耗費了大量的查克拉。

    最終，佐助決心用自己一手準(zhǔn)備的最強絕招來決勝負(fù)……

    原來佐助先前的豪龍火之術(shù)射向天空的目的并不是攻擊鼬，而是用來制造出積雨云，進而產(chǎn)生雷電，并將自然界巨大的雷電之力通過手中雷電引導(dǎo)向鼬。

    這招“麒麟”一擊將整個據(jù)點都打得粉碎，佐助亦以為鼬已身亡，但意想不到的是鼬在麒麟劈下的瞬間開啟須佐能乎抵擋佐助的攻擊。

    就在這時，本來被佐助奪去力量、吸收在其體內(nèi)的大蛇丸，竟趁佐助力量耗盡之際企圖占據(jù)其身體，使出自己最強的術(shù)“八歧之術(shù)”變出八歧大蛇。

    但，八歧大蛇的八個頭顱被須佐之男先后斬下，而大蛇丸本人也被須佐能乎的“十拳劍”刺中而封印在葫蘆里，佐助的咒印也隨著大蛇丸被封印而從此消失。

    佐助與鼬都已經(jīng)到了極限，助連寫輪眼都使不出來了，鼬的雙眼已經(jīng)快要失明，而且不斷吐血，須佐能乎也差點消失。

    面對鼬強大的“須佐能乎”，佐助唯有不斷以草薙劍和引爆符進行攻擊，但都被鼬的須佐能乎所持的“八咫鏡”擋下。

    鼬步步逼近，佐助則節(jié)節(jié)后退。

    最后，鼬微笑著在佐助的額頭前輕輕點了一下，說道：“原諒我，佐助，這是最后一次了。”

    接著就此倒下。天空漸漸變暗，陣雨蒙蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不滅地燃燒著。

    當(dāng)佐助看見旁邊的鼬再也不動后，他明白鼬已經(jīng)死亡，凄涼地笑了一下后倒在了鼬的旁邊，兄弟二人并列躺在地上，仿佛永遠(yuǎn)隔絕的存在。

    捕捉八尾---佐助率領(lǐng)的“鷹”與“面具男”所率的“曉”暫時聯(lián)手，作為條件，“鷹”為“曉”捕捉身處雷之國的八尾人柱力。

    在云雷岟上，佐助與八尾人柱力?奇拉比交戰(zhàn)。由于咒印力量的消失，又是剛開眼的首次作戰(zhàn)，導(dǎo)致前期戰(zhàn)斗有些吃力，連續(xù)兩次被其擊倒，后“鷹”合力將奇拉比壓制。

    奇拉比是忍者歷史上能完美控制尾獸之力的人，他完全尾獸化并對“鷹”步步緊逼。佐助眼見身邊的隊友們?yōu)榱俗约翰幌肫鹆艘郧暗牡谄甙?，遂使用萬花筒寫輪眼釋放了──“天照”。