搶占了八罩島的施瑯命麾下士卒們輪番上岸休整，大軍休整一夜后，六月十六日早間，施瑯派遣兵船數(shù)十艘前往澎湖本島打探明軍布防。
江勝在得到八罩島失守的消息后，果斷將駐守西側(cè)島嶼的軍隊(duì)召回澎湖本島，加強(qiáng)防守。
他令沈誠(chéng)暫統(tǒng)澎湖本島陸路部隊(duì)沿海岸嚴(yán)加防守。
他自己則調(diào)集林升、吳潛、秦海生、王隆、陳君明等水師眾將，率領(lǐng)麾下水師分散鎮(zhèn)守娘媽宮前口子并內(nèi)外塹、東西峙等要口,邱輝率領(lǐng)蓋倫船埋伏在外海，憑借速度優(yōu)勢(shì)伺機(jī)而動(dòng)。
諸多將領(lǐng)建議江勝道：“此間夏季多颶風(fēng)，我等據(jù)火炮之利，當(dāng)固守待敵，或許天不假清，大風(fēng)滅之也未可知。”
江勝對(duì)此一說(shuō)嗤之以鼻,但他確實(shí)想利用岸炮之利,吸引施瑯來(lái)攻。
但在八罩島領(lǐng)教過(guò)厲害的施瑯見(jiàn)澎湖本島防守嚴(yán)密，自然不會(huì)傻乎乎送上門(mén)去。
為將江勝引出來(lái)，他做出了一個(gè)大膽的決定，在六月十八日清晨，他率領(lǐng)水軍大舉駛出八罩島，直奔向東寧本島而去。
施瑯這一招孤注一擲，攻敵所必救果然奏效。
接到消息的江勝大驚，再顧不上固守待敵，無(wú)奈放棄了岸炮和陸師的優(yōu)勢(shì)，點(diǎn)齊戰(zhàn)船，水師傾巢而出，準(zhǔn)備在海上攔截施瑯。
得知江勝水師離島，施瑯故意放慢速度，以逸待勞，雙方最終在將軍澳東側(cè)相遇。
不需多言，雙方在發(fā)現(xiàn)彼此的瞬間，紛紛排列成陣，江勝并未忙于攻擊，他親上旗艦船桅頂端,拿出千里鏡觀察福建水師陣勢(shì)。
施瑯不愧是水戰(zhàn)宿將，其戰(zhàn)船排列，深諳水戰(zhàn)之道，毫無(wú)破綻。
而施瑯在觀察完江勝的列陣后，也發(fā)出了同樣的感慨。
此時(shí)洋流向南，正利明軍，江勝果斷下令水師全軍進(jìn)擊。
前鋒王隆親率大鳥(niǎo)船六艘，趕繒船二十許率先沖向敵陣，其余船只列好陣勢(shì)跟在其后緩緩靠近。
藍(lán)明報(bào)兄仇心切，擔(dān)任先鋒率船迎戰(zhàn)，阻止王隆沖擊本陣。
一雙方隔著寬廣的海面，炮火隆隆，王隆不避炮彈，全力驅(qū)使麾下船只沖前。
藍(lán)明率領(lǐng)手下船只憑借高超的駕駛技巧與敵周旋，雙方近距離炮火不斷，不斷有船只被炮彈擊中，響起沉悶的咚咚之聲。
跟在王隆身后的明軍水師大舉壓上，施瑯適時(shí)傳令召回藍(lán)明，福建水師戰(zhàn)船緩緩后退,隔著距離與敵進(jìn)行炮戰(zhàn)。
此舉正是江勝所希望看到的,眼見(jiàn)施瑯采取運(yùn)動(dòng)炮擊的戰(zhàn)法，江勝果斷下令邱輝從右翼率領(lǐng)蓋倫船沖出。
當(dāng)五艘蓋倫船出現(xiàn)在明軍水師右翼時(shí)，施瑯面色大變，居然有五艘，他趕緊命令左翼朱天貴部加快速度向本陣靠攏。
但蓋倫船的速度太快了，快的連身后友軍大鳥(niǎo)船也跟不上趟，朱天貴剛剛按照命令調(diào)整好風(fēng)帆方向，萬(wàn)勝號(hào)已率先靠近。
數(shù)十門(mén)炮依次開(kāi)火，隨即趕來(lái)的四艘蓋倫船也調(diào)整好角度爭(zhēng)先下達(dá)開(kāi)炮的命令，密集連綿的火炮聲響起，一時(shí)間兩軍本陣之間的交火聲都被掩蓋。
而朱天貴所部在這一輪炮擊下?lián)p失慘重，大鳥(niǎo)船被擊毀四艘，其余趕繒船無(wú)算，他大驚失色驚恐地看著不遠(yuǎn)處的蓋倫船。
待硝煙散去，他看清了為首萬(wàn)勝號(hào)上打的是邱輝的旗幟，他連忙站在坐船尾樓上高呼道：“可是親家公當(dāng)面，是我朱天貴啊。”
邱輝自然知道這是朱天貴的座船，風(fēng)帆上的大字早已表明了指揮官的身份，他面色冷淡催促手下裝填炮彈。
朱天貴猶在大喝：“親家莫要開(kāi)炮，我愿降！”
“開(kāi)炮！”
轟隆聲再起，朱天貴被當(dāng)場(chǎng)炸成重傷眼看著活不成了，失去指揮的左翼清軍水師霎時(shí)間大亂，此時(shí)明軍的大鳥(niǎo)船也已趕到。
但左翼清軍并未投降，仍苦苦咬牙支撐，繼續(xù)與邱輝纏斗，一邊逃離一邊開(kāi)炮還擊。
邱輝帶船銜尾追殺，蓋倫船速度占優(yōu)，不斷有清軍戰(zhàn)船被追上，一輪炮擊被轟成殘木。
施瑯見(jiàn)到左翼的慘狀，面如寒霜，不理會(huì)手下將領(lǐng)請(qǐng)求支援左翼的命令，他全心全意地率領(lǐng)本陣水師與江勝糾纏。
正在此時(shí)，西南風(fēng)再起，看見(jiàn)風(fēng)信旗飄揚(yáng)而起，施瑯面色一振，呵斥手下將領(lǐng)道：
“賊軍不過(guò)五艘西夷大船而已，或可局部爭(zhēng)勝，但難定大局，速令全軍升帆，乘風(fēng)隨本督突擊江賊本陣！”
在施瑯的命令下，福建水師暫停后撤，升起風(fēng)帆迎著追擊的江勝本陣沖來(lái)，邱輝見(jiàn)狀立馬放棄追殺，轉(zhuǎn)向增援。
大風(fēng)卷吹，風(fēng)帆鼓動(dòng)，福建水師冒著炮火以極快的速度沖抵江勝本陣，接舷近戰(zhàn)開(kāi)始。
藍(lán)明帶領(lǐng)眾清軍率先跳入明軍一艘大鳥(niǎo)船上，迎接他們的是一排火銃之聲，沖在頭排的清軍大半中彈身亡。
藍(lán)明僥幸未死，通紅的雙眼死死地盯著明軍，大喝一聲舉刀沖殺，明軍也紛紛拔刀相擊，船艙中鮮血飛濺，刀光四起。
隨著又一艘清軍船只架上這艘大鳥(niǎo)船，跳幫而來(lái)的清軍越來(lái)越多，渾身浴血的水師參領(lǐng)曾田剛眼見(jiàn)抵擋不住，抬頭大聲地沖桅桿上的旗手喊道：“打旗！讓周?chē)拇瑳_老子開(kāi)炮！快！”
旗手默默地點(diǎn)頭，含淚打出旗語(yǔ)。
片刻功夫后不遠(yuǎn)處一陣炮聲響起，藍(lán)明的腦袋被飛來(lái)的炮彈削掉，船上瞬時(shí)間一片斷肢殘臂，曾田剛無(wú)聲地咧嘴大笑，隨著大鳥(niǎo)船緩緩沉沒(méi)。
施瑯不畏炮火，催促座下旗艦親自沖入敵陣。
迎面正好是林升的座艦，他見(jiàn)施瑯旗艦沖來(lái)，連忙催促靠了上去，想要跳幫接戰(zhàn)，卻被施瑯旗艦靈巧的閃避開(kāi)。
兩船相錯(cuò)的瞬間同時(shí)開(kāi)炮，木屑飛濺，船只顛顫。
林升一眼看見(jiàn)了對(duì)面船上踉蹌的施瑯，他大喝命令身邊兩個(gè)親兵向施瑯開(kāi)槍。
兩個(gè)親兵反應(yīng)極快，端起東寧銃，瞄準(zhǔn)施瑯，砰砰開(kāi)了兩槍。
一槍正中施瑯身邊親兵，一槍擦過(guò)施瑯臉頰，瞬間鮮血如注。
兩船很快拉開(kāi)了距離，林升對(duì)身邊兩個(gè)親兵怒喝，“廢物！”，連忙駕船再追。
施瑯滿(mǎn)臉鮮血的樣子十分可怕，身邊的親兵大驚失色，連忙將其扶回船艙，同時(shí)命令旗艦準(zhǔn)備后撤。
但此時(shí)越來(lái)越多的明軍船只往此處靠來(lái)，也有越來(lái)越多的清軍船只前來(lái)增援。
一時(shí)間施瑯旗艦后退不得，雙方圍繞在這周?chē)粩鄰P殺。
邱輝游弋在戰(zhàn)場(chǎng)邊緣，看準(zhǔn)機(jī)會(huì)帶領(lǐng)五艘蓋倫船快速?zèng)_入戰(zhàn)場(chǎng)，精準(zhǔn)而迅捷地一輪炮擊，擊毀數(shù)艘清艦后，再迅速地脫離戰(zhàn)場(chǎng)，充分發(fā)揮了速度快的優(yōu)勢(shì)。
隨著時(shí)間的推移，戰(zhàn)況對(duì)清軍越來(lái)越不利，不斷有福建水師將領(lǐng)打旗語(yǔ)請(qǐng)示施瑯撤退。
皆被施瑯拒絕，旗艦不斷打出旗語(yǔ)命令各部奮勇前沖，不許后退半步。
這場(chǎng)海戰(zhàn)從午時(shí)一直打到黑夜，海面上到處都是燃燒的木板和漂浮的尸體。
隨著夜色降臨，雙方默契地互相脫離了戰(zhàn)場(chǎng)。
戰(zhàn)后福建水師僅剩大小戰(zhàn)船六十七艘，士卒七千余人，而明軍仍剩余大小戰(zhàn)船剩余一百一十九艘，五艘蓋倫船俱存，剩余水師將士一萬(wàn)三千余。
此戰(zhàn)大勝！